コーヒーが悪い影響を与えるというのは、カフェインに原因があります。カフェインには興奮作用があり、飲み過ぎると不安、不眠、動悸（どうき）あるいは胃腸障害や消化不良を起こす可能性があります。そのことによって、妊娠中の体調を崩したり、栄養摂取ができなかったり、精神的に不安定になることがあるため、コーヒーをどうしても飲みたいのなら、なるべく薄くして回数も少なくした方がいいでしょう。
コーヒー専門店では、カフェインを除いたカフェインレスのコーヒーを売っているところもありますので、デパートなどに問い合わせてみてください。